قال بيان لوزارة الداخلية المصرية إن الانفجار وقع عقب الانتهاء من القداس، وقد استقبلت المستشفيات عدد 7 حالات وفاة، و24 مصاباً منهم 8 مسلمين وضابطي شرطة و3 من أفراد أمن الخدمة المعينة لتأمين الكنيسة، كما وقعت تلفيات بمبنى الكنيسة وكذا بمسجد مقابل لها وحدوث تلفيات بمبنى الكنيسة وكذا بمسجد مقابل لها.
وذكرت مصادر أمنية مسئولة أن الحادث وقع عندما اندفعت سيارة "ملاكي الإسكندرية" خضراء اللون "س ي ج 5149"، والتي تبين أنها مفخخة ، إلي جموع المصلين الأقباط والمواطنين أثناء خروجهم من كنيسة مار مرقس الشهيرة بكنيسة القديسين .
وعقب خروج قائدها وتوقفها انفجرت في المواطنين وخلفت قتلى وجرحى كثيرين من المصلين الأقباط وأفراد الحراسة المكلفة بحماية الكنيسة وتأمينها .
وقالت المصادر إنه عقب التفجير توجه عدد من الأقباط إلي مسجد مقابل للكنيسة محاولين الاعتداء عليه إلا أن التواجد الأمني حال دون ذلك خاصة أن عشرات المسلمين المقيمين في المنطقة المجاورة للكنيسة توجهوا لإسعاف إخوانهم الأقباط المصابين ونقلهم بسياراتهم إلي المستشفيات لعلاجهم.
وشهدت الكنيسة نفسها اعتداء في شهر ابريل/نيسان عام 2006 حيث دخلها شخص وبدأ يطعن المصلين فأصاب عددا منهم بين قتيل وجريح.
وكان تنظيم القاعدة في العراق قد هدد المسيحيين في مصر باستهدافهم عقب حادثة كنيسة سيدة النجاة للسريان الكاثوليك في 31 اكتوبر/ تشرين الاول في بغداد، كما شهدت الاسكندرية تظاهرات لمسلمين يطالبون الكنيسة المصرية بإطلاق سراح نساء أسلمن ويعتقد أنهن محتجزات في كنائس.
وتشهد مصر توترا طائفيا محسوسا منذ مقتل اثنين من المسيحيين واصابة عدد اخر ورجال شرطة في اشتباك بمدينة الجيزة خلال احتجاج المسيحيين على قيام السلطات بوقف البناء في امتداد كنيسة قائلة ان الكنيسة خالفت الترخيص.