ما بعد أحداث 11 سبتمبر
أختفى زعيم تنظيم القاعدة عن الأنظار بعد الحرب على طالبان والقاعدة في أفغانستان ويعتقد البعض أن أسامة بن لادن ما يزال مختبئًا في المنطقة الجبلية لأفغانستان والمتاخمة للحدود الباكستانية. وفي شريط مرئي بثته قناة الجزيرة في 30 أكتوبر 2004، برر ابن لادن ولأول مرة سبب إقدام القاعدة على توجيه ضربة للمباني المدنية في الولايات المتحدة، فقد علل بن لادن الضربة بقوله:"بعدما طفح الكيل بالمسلمين من إقدام إسرائيل على اجتياح لبنان سنة 1982، وما تفعله من أعمال إرهابية ضد المدنيين الأبرياء في فلسطين وماتشهده الساحة الإسلامية من انتهاكات إسرائيلية حيال الشعب الفلسطيني. وما أيضًا يراه كل العالم بأن أمريكا تساند وتبارك إسرائيل بما تفعله باحتلالها أراضٍ ليست حقًّا لها لا في تاريخ أو حضارة". وادعى "ان الرئيس الأمريكي مخطئ بتفسيره أن القاعدة مناهضة للحرية ويستند قوله على أن القاعدة تقول الحقيقة التي لبثت أمريكا دوما بإخفائها".